Henri Gomperts was een zoon uit het tweede huwelijk van Barend Philipp Gomperts en Eva Meijer. Hij trouwde met Rachel Cornelia Citroen, een dochter van Jacob Citroen en Nanette Lankhout. De choepa was op Zondag 24 Februari 1914 in de “Neie Shul” in Amsterdam. Uit dit huwelijk is in December 1914 hun zoon Ernst geboren. Rachel Citroen overleed echter al op jonge leeftijd – 27 jaar en zij werd op 15 Januari 1922 begraven op de Joodse Begraafplaats van Muiderberg.
Op 3 Januari 1933 hertrouwde Henri Gomperts opnieuw met de weduwe van Willem J. Goudeket, Frederika Philips, een dochter van Simon Jacobus Philips en Helena Margretha Ornstein. Uit dit huwelijk zijn geen kinderen geboren.
Henri Gomperts werd geboren in een groot gezin. Zijn vader Barend Philipp Gomperts kreeg in zijn eerste huwelijk met Mietje Heijmans acht kinderen waarvan er twee tijdens de Sjoa zijn vermoord (Samuel Barend en Paulette) en één kind de Holocaust overleefde. Vóór de oorlog zijn Henri’s halfbroers Philip Barend, Elie Barend en Abraham Mozes, als ook zijn halfzusters Minette, Bertha en Marianne al overleden.
Uit het tweede huwelijk werden vier kinderen geboren, waaronder Henri zelf. Eén zusje overleed na één maand en dan waren er nog Albert Barend en Carolina.
Henri Gomperts was naast “koopman” ook voorzitter van de S.A. Rudelsheimstichting, een instelling voor zwakzinnige kinderen. Zijn broer Albert Barend was advocaat en procureur en lid van de Joodse Raad in Amsterdam. Zijn zuster Carolina, die gehuwd was met Meijer Lezer, stichtte in Amsterdam de bekende damesblousefabriek Gompertz & Lezer op, waarvan ook Henri deel uitmaakte.
Henri Gomperts werd op 20 Juni 1943 geregistreerd in Kamp Westerbork, waar hij moest verblijven in barak 63. Hij werd samen met zijn echtgenote Frederika Philips op 15 Februari 1944 gedeporteerd naar Bergen Belsen, waar hij op 18 Juli 1944 om het leven is gekomen. Zijn vrouw stierf daar al één maand eerder: zij verloor haar leven op 23 Juni 1944.
Henri’s ongehuwde zoon Ernst verbleef in Frankrijk, kwam vanuit Lyon vanaf Januari 1936 weer naar Amsterdam en woonde op het ouderlijke adres Vondelstraat 65. Op enig moment is hij opnieuw naar Frankrijk vertrokken waar hij woonde op het adres 32 bis Rue du Cotentin in Parijs 15e,, zijn laatst bekende adres. Op basis van gegevens uit het archief van de Joodse Raad is Ernst volgens SER Paris op 19 Juli 1942 vanuit Drancy gedeporteerd in de richting van Opper Silezie en is vermoedelijk enkele dagen daarna bij aankomst in Auschwitz vermoord.
Stadsarchief Amsterdam, archiefkaart Henri Gomperts, Frederika Philips en Ernst Henri Gomperts; woningkaarten van de Vondelstraat 65 en Krugerplein 2 I; website Akevoth/Burial Permits betreffende Rachel Cornelia Citroen; Archief Joodse Raad, registratiekaarten van Henri Gomperts, Ernst Henri Gomperts (zich ook noemende David) en Frederika Philips; Transportlijst Drancy-Auschwitz van Beate Klarsfeld betreft Ernst (David) Gomperts.