Paul Citroen was een van de twee Joodse leraren, - de ander was A. Bartels - die 'op last van de rijkscommissaris voor de bezette gebieden ontheven wordt van de waarneming van hun functie, aangezien zij van joodsen bloede zijn' (uit het jaarverslag van de Academie, 1940).
Na afloop van de oorlog voelt de Raad van Bestuur zich verplicht zich tegen aantijgingen als zou de Academie 'fout' zijn geweest - niets is minder waar, volgens oud-directeur Beljon in zijn boek uit 1982 over de 300-jarige geschiedenis van de Academie - te verweren. De Raad doet dat in een schrijven aan Koningin Wilhelmina. Daaruit neemt Beljon de volgende, uitgebreide citaten over:
"De bezettingsjaren zijn niet zonder moeilijkheden aan ons voorbij gegaan. Toen de directeursplaats op 1 maart 1942 vacant kwam, werd de enige onzer docenten, die lid van de N.S.B. was, gedwongen naar de vervulling van deze vacature te solliciteren." De Raad van Bestuur besluit in haar voordracht voor een nieuwe directeur deze leraar niet op te nemen en wordt daarop geschorst. Op 21 april 1942 benoemt de regering de N.S.B.-er E. Gerdes tot buitengewoon lid van de, sinds april van dat jaar geschorste, Raad van Bestuur. De schorsing wordt daarmee opgeheven. En de Raad van Bestuur krijgt, door voet bij stuk te houden, zijn zin met de voordracht van de eigen kandidaat voor het directeurschap, B.Th. de Heij. De aanwezigheid van een N.S.B.-er in het bestuur geeft echter wel de nodige hoofdbrekens:
" Aangezien de benoeming van het buitengewone bestuurslid evenwel in het algemeen en voor onze bestuursleden in het bijzonder door het persoonlijk contact met een N.S.B.-er dat zij op de vergaderingen zouden krijgen, zeer grievend bleef, hebben wij deze voorwaarden moeten afwegen tegen de belangen van onze meer dan 60 docenten en bijna 800 leerlingen, die in de gevaarlijke leeftijd van 18-30 jaar in de moeilijke bezettingstijd aan onze zorgen waren toevertrouwd en die meer gevaar zouden kunnen gaan lopen naar Duitsland te worden gezonden, hetgeen wij slechts in de uiterste noodzaak op ons geweten konden nemen. Nu wij de strijd om het directoraat hadden gewonnen en aan het buitengewoon bestuurslid geen dictatoriale macht was verleend, waren wij van mening dat de uiterste noodzaak niet was ingetreden, zodat wij zedelijk verplicht waren de aangeboden oplossing te verkiezen boven een andere, die aan een veel groter aantal personen en aan ons onderwijs een veel groter nadeel zou berokkenen."
"Het door de Commissaris voor de niet-commerciele verenigingen en stichtingen aangewezen buitengewone bestuurslid heeft zich nimmer in nationaal-socialistische zin kunnen doen gelden en heeft zich na enige tijd weinig meer in onze vergaderingen vertoond. Hij is in mei 1945 overleden."
"Ons groot docentencorps is volkomen betrouwbaar gebleken met uitzondering van de hierboven bedoelde leraar, die intussen slechts van december 1941 tot augustus 1942 lid der N.S.B. is geweest. Wij hebben hem niettemin na de bevrijding aangegeven, doch men heeft geen termen gevonden hem te vervolgen. Van enige onzer docenten was het ons bekend, dat zij aan het ondergrondse verzet deelnamen; een daarvan, de heer P.G.S. Guermonprez, is helaas gegrepen en gefusilleerd. Een tweede ir. H.J.Brusse, is in hechtenis genomen en in gevangenschap bezweken. Aan onze ondergedoken Joodse leraar, de schilder Paul Citroen, hebben wij steeds zijn wachtgeld langs omwegen weten te doen toekomen. Hij heeft gelukkig de bezettingsjaren overleefd."