Begin jaren twintig (1921) houdt Jacques spreekuur in een polikliniek aan de Markt (nu: Raadhuisplein), hij adverteert hiervoor samen met het artsenechtpaar Schrijver, dat ook in het Apeldoornsche Bosch werkt. Het drietal omschrijft de instelling als een polikliniek voor zenuw- en kinderziekten. Daarnaast is Jacques, van 1920 tot 1928, consulent voor het arrondissement van de rechtbank Zutphen. Hij wordt als deskundige ingezet bij het beoordelen van verdachten met een verminderd IQ. In dezelfde tijd (1922) is hij ook betrokken bij de plaatselijke afdeling van de Nederlandsche Maatschappij tot Bevordering der Geneeskunst, een federatie van beroepsverenigingen van artsen. In deze hoedanigheid bezoekt hij met een collega-zenuwarts van sanitorium ’Boschrust’ een seance van een lokale magnetiseur. Kort daarop staat in de Nieuwe Apeldoornsche Courant dat Jacques en zijn collega bij Justitie een aanklacht zouden hebben ingediend tegen deze magnetiseur, omdat hij tegen zijn publiek gezegd zou hebben dat het beter zou zijn “om aan deze twee geneesheren geen geneeskundige bijstand te vragen”. Het blijkt om een gerucht te gaan, dat door de dienstdoende journalist niet is ontmaskerd. Het bestuur van de plaatselijke afdeling brengt enkele dagen later de feiten naar buiten in een ingezonden brief, waaruit ook blijkt dat het bestuur achter het optreden staat van Jacques en diens collega; de twee geneesheren hadden aan het bestuur verslag gedaan van de seance, en naar aanleiding hiervan is aan een Officier van Justitie de vraag voorgelegd of de praktijkuitoefening van de magnetiseur wel óf niet valt onder ‘strafbare onbevoegde uitoefening der geneeskunst’.
In 1924 valt Jacques de eer te beurt om geïnstalleerd te worden als lid van het Genootschap voor Joodsche Wetenschap. Tegelijkertijd wordt ook Jacob Samuel Wijler (1884-1943) als lid toegelaten. In deze periode heeft de geloofsgemeenschap het plan om het metaheerhuisje op de begraafplaats te vervangen. Jacques wordt lid van de bouwcommissie, die de kerkenraad moet adviseren. Op verschillende manieren wordt geprobeerd voldoende financiën bijeen te krijgen. Jacques vraagt op verzoek van de kerkenraad aan het C.I.K, het overkoepelende orgaan van het Apeldoornsche Bosch, om een donatie of anders een rentevrije lening.
In 1929 verbindt Jacques zich aan een landelijke actie met de naam ‘Hulpcomité Palestina 1929’. Hij beheert een van de vele plekken in het land waar mensen geld kunnen brengen of geld naar over kunnen maken.
Begin jaren dertig is Jacques eerst penningmeester en vanaf 1939 voorzitter van de plaatselijke afdeling van het Nederlands Genootschap tot Zedelijke Verbetering van Gevangenen, de voorloper van de tegenwoordige Stichting Reclassering Nederland. Vermoedelijk gaat het alleen om hulp aan gevangenen en ex-gevangenen die voldoende gemotiveerd zijn voor hun terugkeer in de maatschappij en van wie wordt verwacht dat ze zich na hun vrijlating ook willen laten begeleiden. De taak van het genootschap bepaalt zich tot het geven van voorlichtingsrapporten; tot het uitoefenen van toezicht op voorwaardelijk veroordeelden en voorwaardelijk ontslagenen; tot het verleenen van steun en raad aan ontslagen gevangenen (de z.g. nazorg). Daar er in het ressort van de vereeniging geen gevangenis is, valt celbezoek buiten de zorg dezer afdeeling.
In 1933 is Jacques met onder meer Hillegonda Polak-Drilsma (1902-1942) lid van het comité, dat geld probeert in te zamelen voor het Centraal Israëlitische weeshuis ‘Machseh Lajesoumim’ in Leiden. Van het weeshuis is ruim honderdduizend gulden gestolen, wat betekent dat het de reguliere kosten niet meer kan betalen van de vrijgekomen rente, zoals tot dan toe. De malversatie is landelijk nieuws. Het plaatselijke comité roept de hele bevolking van Apeldoorn op om geld te doneren.
In 1934 wordt in een speciaal herdenkingsnummer van het ‘Centraal Blad voor Israëlieten in Nederland’ uitgebreid stilgestaan bij het vijfentwintigjarige jubileum van het Apeldoornsche Bosch. Jacques wordt hier genoemd als 'de tweede geneesheer die de naam van de inrichting in deze kwart eeuw mede hoog heeft gehouden'. Al ‘snel’, d.w.z. in 1914, dus vijf jaar na de opening bleken de driehonderd bedden onvoldoende en werd er in de jaren daarna toegewerkt naar een verdubbeling, ook vanwege de overname van honderdvijfenzeventig patiënten uit Amsterdam. In zijn bijdrage geeft Jacques op verzoek aan, dat het niet de aspecten zijn zoals leed, ellende, smart en droefenis, die hem als eerste te binnen schieten als hij terugkijkt op zijn betrokkenheid van een kwart eeuw. Wat hem vooral is bijgebleven zijn de gemoedelijke sfeer en de humor, die misschien wel specifiek is voor het Apeldoornsche Bosch. Het is duidelijk dat hij kijkt naar de positieve kanten van wat er in deze micro-samenleving plaatsvindt. Hij vervolgt zijn herinneringen met zijn overtuiging dat de problemen en vijandigheden die Joden in de reguliere samenleving ervaren, veroorzaakt door het feit dat ze tot een niet altijd getolereerde minderheid behoren, niet van toepassing zijn op de kwetsbare Joodse patiënten in het Apeldoornsche Bosch; hier kan iedereen zichzelf zijn in een vredelievend leefklimaat. Hij is van mening dat een deel van de Joodse patiënten, die in de voorliggende jaren zijn overgeplaatst uit niet-Joodse inrichtingen, in Apeldoorn zijn opgebloeid. De Joodse cultuur die hier in alle vrijheid beleefd en nageleefd kan worden en het onderlinge contact, zijn volgens Jacques vaak een bepalende factor geweest voor deze positieve wending.
In 1935 is Jacques één van de driehonderdvijftig ondertekenaars van een manifest, opgesteld door een internationale verzameling van onder meer artsen, psychiaters en directeuren van psychiatrische inrichtingen. Mensen die in de zorg werken en zich grote zorgen maken over de manier waarop wereldwijd staatslieden spreken over oorlog; naïef, simplistisch en heroïsch. Naar de mening van de ondertekenaars een houding die nu niet meer passend is. Hoewel het nazisme niet wordt genoemd, is dit ongetwijfeld de verborgen onderstroom van hun manifest. In de Eerste Wereldoorlog zien zij het bewijs van de enorme gevolgen voor de samenleving en voor individuele mensen van wat oorlog wèl is; ongebreidelde vernielzucht en de inzet van steeds meer technische middelen die levens verwoesten. Met deze kennis is naïviteit een verwerpelijke houding. Oorlog brengt ook de pijnlijke tegenstrijdigheid aan het licht tussen wat een individu wil en denkt, en waar individuele mensen gezamenlijk toe in staat zijn. Een individu, bijna zonder uitzondering fel tegenstander van oorlog en niet in staat tot het plegen van gruwelijkheden, kan als onderdeel van een collectief juist wel overtuigd raken van de legitimiteit van oorlogsvoering en ook zeer wel in staat zijn tot gewelddadigheden. Een verschijnsel dat vooral optreedt als mensen zich bedreigd voelen of wanneer hen dit wordt aangepraat. En dat laatste blijkt in de loop van de geschiedenis steeds weer schrikbarend makkelijk te gaan. Een primitieve lust naar macht en geweld, gemaskeerd door valse motieven, in de opvatting van de ondertekenaars van het manifest. Jacques en de overige ondertekenaars waarschuwen voor het gegeven dat zowel volken als individuen meegesleurd kunnen worden in waandenkbeelden en neurotisch gedrag. Zij stellen dat zij door hun professionele kennis het onderscheid kunnen zien tussen de daadwerkelijke motieven van staatslieden en de voorgewende redenen. Ze doen een beroep op de staatslieden die de vrede willen handhaven: stop evenveel energie en geld in het bewaken van de vrede als in bewapening en het versterken van gevechtsposities.
In november 1935 bezoekt prinses Juliana het Apeldoornsche Bosch.
In 1936 gaat geneesheer-directeur Kat met pensioen en wordt Jacques benoemd tot zijn opvolger, een fraaie promotie. Met zijn gezin verlaat Jacques de artsenwoning, Zutphensestraat 108, een huis op het terrein van het Apeldoornsche Bosch, vlakbij de toenmalige hoofdingang en betrekt de woning van zijn voorganger, aan de overkant adres Zutphensestraat 153. Over zijn kwaliteiten worden in deze periode opnieuw lovende woorden gesproken, zoals: "Jacques is met de moderne opvattingen op het gebied der psychiatrie ten volle vertrouwd, en heeft zich in psychiatrische kringen zeer gezien weten te maken en is de vriend van al zijn patiënten”.
Op 1 mei 1936 is Jacques' eerste werkdag in zijn nieuwe functie als geneesheer-directeur en in het hoofdgebouw wordt hij op weg naar zijn kantoor begroet door vele personeelsleden die zich in de hal en de gangen hebben opgesteld. ‘s Avonds is er een receptie in de synagoge van de inrichting, waarbij ook Alagonda aanwezig is. De godsdienstonderwijzer Salomon Abraham van Witsen (1867-1943) houdt een korte toespraak en spreekt een voor de gelegenheid geschreven gebed uit. De gekalligrafeerd tekst krijgt Jacques als herinnering mee naar huis. De receptie wordt omlijst door een gelegenheidskoor. Koorleden zijn jongens van het Paedagogium. De avond wordt besloten met de vrijdagavonddienst als begin van de sjabbat.
Ten tijde van zijn promotie tot directeur zijn Jacques en Alagonda aanwezig bij de vergadering van de patiëntenvereniging ‘Tot Ons Vermaak’. De voorzitter vergelijkt Jacques met Jozua die de leidersstaf van Mozes overnam, en hij verwoordt het vertrouwen dat het bestuur in hem heeft. Jacques zegt te hopen dat hij deze verwachtingen waar kan maken. Hij voegt eraan toe dat in de Schrift staat dat niemand een gelijke was van Mozes, waarmee hij zijn respect en waardering uitdrukt voor zijn voorganger de heer Kat.
Als Jacques een half jaar (november 1936) de hoogste positie bekleed bij het Apeldoornsche Bosch houdt hij een lezing bij de Joodsche Sociëteit in Haarlem. Het thema is ‘Erfelijkheid en geestelijke volksgezondheid der Joden’. Een verslaggever van het Nieuw Israëlitisch Weekblad is hierbij aanwezig. Uit zijn artikel valt het volgende op te maken: Jacques stelt dat onder het Joodse volk sommige ziekten juist meer, en andere juist minder voorkomen. Hij voegt er aan toe dat er in de Joodse gemeenschap opvallend veel geesteszieken zijn. Dit ondersteunt hij met enkele statistieken; per tienduizend Joden zouden er vijfenzeventig geesteszieken zijn, ten opzichte van achtentwintig onder een gelijk aantal niet-Joodse burgers. In het artikel valt aansluitend te lezen: Na de pauze vertelde Dr. Lobstein, aan de hand van een aantal stamboomen iets over gevallen uit zijn praktijk. Hierbij kwam vooral ook het gevaar van verwanten-huwelijken naar voren. Tenslotte meende spr. er echter voor te moeten waarschuwen, deze gevallen niet als norm te nemen. Het waren integendeel, zeer bijzondere gevallen, welke hij echter had uitgekozen, omdat zij juist daardoor voor den leek interessant zijn. „De Joodsche bevolking van ons land", aldus spr., „vormt een prachtig studiemateriaal. Vooral omdat zij een betrekkelijk groote groep, met vrij scherpe grenzen vormt. Ook het feit, dat deze bevolking in enkele groote steden geconcentreerd is, vergemakkelijkt de bestudeering ervan.” Spr. zelf verzamelde reeds een schat van gegevens, doch er moet nog veel meer geschieden, wil men het doel, n.l. een geestelijke saneering van het Joodsche volk, bereiken.
Tot 1941 blijft Jacques lid van het erecomité van ‘Tooneelvereeniging Graficus’. De vereniging verzorgt in het tweede oorlogsjaar tien optredens ‘in dienst van de t.b.c. bestrijding’.
Jacques leidt het Apeldoornsche Bosch in de geest van de orthodox-Joodse opvoeding die hij zelf heeft gehad. Zijn vrouw Alagonda, hun dochter Frieda en misschien ook wel hun zoon Siegmund zijn overtuigd Zionist; de ideologie die een Joods thuisland of Joodse staat ondersteunt in het gebied waar in Bijbelse tijden de Israëlitische koninkrijken Israël en Juda hebben gelegen, iets wat ook voor Jacques van belang is. In lijn hiermee is hij in 1932 initiatiefnemer van de lokale afdeling van de Nederlandse Zionistische Bond. Deze Bond spreekt zich uit tegen een verdeling van het grondgebied van Palestina. Bension Levie Hes (1891-1943), administrateur van het Apeldoornsche Bosch, is op dat moment vice-voorzitter.
Alagonda is presidente van de ‘Joodsche Vrouwenvereeniging voor Praktisch Palestinawerk’. In november 1933 organiseert zij samen met de andere leden een filmavond bij het Apeldoornsche Bosch. Na een lezing wordt de film getoond die in technisch opzicht ‘tot in de puntjes’ is verzorgd door Herman Nieweg (1892-1943), de magazijnchef van de inrichting.
Siegfried en Frieda doorlopen beiden het gymnasium. Jacques is een deel van deze periode curator op deze school, waar hij samen met anderen de kwaliteit van het onderwijs moet bewaken. De exacte invulling van deze functie is onbekend gebleven.
Frieda is betrokken bij de jeugdorganisatie voor pionierswerk in Palestina. In 1934 probeert ze een geschikte plek te vinden om daarvoor een kamp te kunnen organiseren in de regio Apeldoorn - Arnhem. Ze zet zich ook in voor het Joodsch Nationaal Fonds, dat geld inzamelt om stukken grond in Palestina te kunnen opkopen. Het daaropvolgende jaar emigreert ze naar Palestina. In dezelfde periode gaat Frits naar Amsterdam om geneeskunde te studeren. In 1936 organiseert Jacques voor de personeelsvereniging een avond waarin hij, ondersteund met ‘lichtbeelden’ [lees: foto, dia, projectie], verslag doet van een reis naar Palestina, die hij samen met zijn vrouw maakte. Hierin noemt Jacques drie organisaties, waaronder het eerder genoemde Joodsch Nationaal Fonds.
Als Jacques in 1936 de functie van geneesheer-directeur van het Apeldoornsche Bosch overneemt van dokter Kat, neemt hij tegelijkertijd zitting in de voogdijvereniging waar ook zijn vrouw zich voor inzet. Jacques krijgt geen formele functie, maar is wel bij een groot deel van de vergaderingen aanwezig in de rol van adviseur. Wel telt zijn stem als er een meerderheid gevonden moet worden om tot een besluit te komen, zo blijkt uit de notulen. Zijn ervaring als psychiater komt goed van pas in de casussen die tijdens de bijeenkomsten worden besproken. Soms gaat hij op huisbezoek bij pupillen, of voormalige pupillen die in een nazorgtraject zitten.
Een jaar later, in 1937, treedt prinses Juliana in het huwelijk met prins Bernhard. Op de trouwdag hebben zoveel mogelijk mensen van het verplegend en niet-verplegend personeel vrij gekregen om de radio-uitzending te kunnen beluisteren. Ook de dagbesteding voor de patiënten is (grotendeels) vervallen. Op alle afdelingen, maar ook in de wachtkamer en de bibliotheek, zijn luidsprekers geplaatst om de plechtigheid te kunnen horen. Uit een bericht in de Nieuwe Apeldoornsche Courant: "De avond tevoren was er ook hier een extra synagogedienst, waarbij ter opluistering een jongenskoor van het Paedagogium Achisomog, onder leiding van den heer B. Cohen, verdienstelijk psalm 100 en 150 zong. De gestichtsleraar [lees: Salomon Abraham van Witsen] sprak een passende gelegenheidsrede uit, met als uitgangspunt Jeremia 33 : 10. De Synagoge was schitterend verlicht, feestelijk aangekleed en met bloemen versierd. Zo was geheel bezet en o.m. waren aanwezig de geneesheer-directeur en andere hoofdambtenaren; eerstgenoemde verrichtte de ‘pesiegas hannousein tesjoengo’ [fonetisch: Petiechat hanoten tesjoe’a.].
Deze verrichting houdt in de ‘petiecha’, hebreeuws voor ‘opening’, van de ‘Aron Hakodesj’, de Heilige Arke, de plek in de synagoge, waarin de Torah-rollen worden bewaard. Het is een handeling op speciale momenten tijdens een dienst, waarvoor een aantal mensen de, eervolle, opdracht krijgt. Om welke momenten het gaat, wordt benoemd in deze opdracht. In dit geval gaat het om de opening bij het gebed dat begint met de woorden ‘Hanoten tesjoe’a lamelachiem’, wat betekent ‘Hij die redding geeft voor Koningen’. Dat is een gebed voor het Koninklijk Huis en de regering; omdat Joden van oudsher erg afhankelijk waren van de goedgezindheid, dan wel de grillen van een heersende vorst, werd er altijd voor het welzijn van zo’n vorst gebeden.
In 1937 wordt Jacques Lobstein geconsulteerd in een rechtszaak. In welke hoedanigheid hij hierbij is betrokken, is niet zeker, mogelijk is de verdachte een cliënt uit de nazorg aan gevangenen, een patiënt uit zijn eigen praktijk of een patiënt uit het Apeldoornsche Bosch. De Nieuwe Apeldoornsche Courant vermeldt: 'Theeservies gestolen. De 23-jarige J. R., arbeider te Apeldoorn, had zich vervolgens te verantwoorden, omdat hij in februari jl uit een houten gebouwtje te Beekbergen, hetwelk in eigendom toebehoorde aan den heer J. M. Deierkauf, een theeservies of een gedeelte daarvan, had weggenomen. Verdachte bekende, hij heeft een en ander weer als cadeau weggegeven. Dr. Lobstein te Apeldoorn, die R. psychiatrisch had onderzocht, meent, dat verdachte toch verminderd toerekeningsvatbaar moet worden geacht. De officier van justitie eischte, rekening houdende met den inhoud van het rapport een gevangenisstraf van twee maanden, evenwel voorwaardelijk en met een proeftijd van drie jaren.'
In 1938 wordt het Ontspanningsgebouw geopend, dit is niet zomaar een gebouw voor vermaak, maar het dient een duidelijke therapeutisch doel. Jacques hecht grote waarde aan bewegen, dit in combinatie met een huiselijke sfeer in de paviljoens en passende werk- of dagbestedingsplekken. Actief zijn helpt de patiënten om rustiger en gezonder te worden. “Teneinde het personeel nog meer dan voorheen voor zijn moeilijke taak berekend te maken, is dr. Lobstein van plan voor leerling-verpleegsters en verplegers het verplichte leervak gymnastiek in te voeren, opdat zij ook wat lichaamsoefening betreft den patiënten leiding kunnen geven. De actieve therapie maakt de patiënten rustiger en gezonder, doch het belangrijkste is zeer zeker dat hun belangstelling voor hun omgeving er door wordt gewekt”. Het Ontspanningsgebouw maakt onderdeel uit van deze insteek, in zichzelf gekeerde patiënten kunnen er bijvoorbeeld in groepsverband verschillende sporten beoefenen. Eén van de gedachten is dat als een patiënt(e) een sport leuk vindt, hij of zij er met anderen over in gesprek zal gaan. Daarnaast is er voor de patiënten en hun familie gelegenheid elkaar in dit gebouw te ontmoeten.
Eind 1939 is er contact tussen Jacques en opperrabbijn van Gelderland, de heer Vredenburg. De opperrabbijn geeft aan dat een aantal van de patiënten, die zich zelfstandig buiten het terrein mogen begeven, en sommige personeelsleden, zich niet houden aan de Joodse wetten; ze fietsen en roken onder meer buiten het terrein. Jacques is van mening dat binnen de grenzen van het Apeldoornsche Bosch alles in werking is gesteld om zorg te dragen voor de sabbatsheiliging. Hij vervolgt dat het zich houden aan de sabbat inderdaad van groot belang is, maar dat personeelsleden en patiënten naar zijn mening niet gedwongen mogen worden zich aan deze regels te houden. Er worden ‘gemoedelijke gesprekken' met deze twee groepen gevoerd om ieder bewust te maken van de heiligheid van de rustdag, iets waar onder andere de godsdienstonderwijzer zijn aandeel in heeft. Jacques benadrukt ook dan, dat er geen sprake kan zijn van dwang en dat ‘ernstige waarschuwingen’ en strafmaatregelen wat hem betreft ‘ten zeerste zijn af te raden’. Hij refereert ook aan een vergelijkbare situatie van tien jaar geleden.
Eind jaren dertig groeit het aantal patiënten snel; deels door psychiatrische patiënten uit nazi-Duitsland, maar ook door Duitsers zonder psychiatrische klachten, die zich laten registreren in de hoop veilig te zijn voor de nazi’s. Het is onbekend of Jacques actief betrokken was bij deze, gezien de omstandigheden alleszins te billijken vorm van misleiding.
Op 24 januari 1943 meldt een zekere Gijsbertus Hoekman zich bij één van de politiebureaus in zijn woonplaats Amsterdam. Hij vertelt daar dat zijn zwager, de minderjarige Joodse jongen Samuel Engelschman (1925-1943), naar de woning, waar hij met zijn vrouw woont, is toegekomen. Hoekman vertelt aan de dienstdoende agent dat de geneesheer-directeur van het Apeldoornsche Bosch (Jacques Lobstein) aan Samuel reisgeld heeft gegeven om naar zijn zus in de hoofdstad te kunnen reizen en daar zijn intrek te nemen. Het politierapport vermeldt vervolgens: Hoekman, die Ariër is, durft zijn minderjarige zwagertje zonder toestemming van de overheid niet in huis te nemen en stelt hem ter beschikking van de politie. Er wordt navraag gedaan bij de afdeling die alle voortvluchtige (ondergedoken) Joden heeft geadministreerd, maar Samuel komt niet in dit bestand voor. Op de afdeling ‘Joodsche Zaken’ is op deze zondag niemand aanwezig, zodat Samuel ‘in ieder geval tot maandag in hechtenis wordt genomen’. Een volgende registratie in het politie-logboek laat zien dat Samuel de volgende dag in een politieauto naar ‘Joodsche Zaken’ wordt vervoerd. Uit het verslag dat daar is gemaakt, blijkt dat Samuel wordt beschuldigd van reizen zonder ‘reisvergunning’ en van het niet dragen van de Jodenster. Daarop wordt hij overgedragen aan de Sicherheitsdienst. Uit het feit dat Hoekman op 24 januari 1943 zijn zwager aangeeft (...) kan hoogstwaarschijnlijk worden opgemaakt dat Samuel één van de ‘betere’ patiënten van de inrichting is geweest, die één of hooguit enkele dagen eerder, door Jacques en zijn medewerkers zijn aangespoord èn gefaciliteerd om te vluchten. Dit past feilloos in de getuigenissen uit de tijd tussen de komst van de Ordedienst (die een dag te vroeg in Apeldoorn arriveerde) en de daadwerkelijke ontruiming van het Apeldoornsche Bosch in de nacht van 21 op 22 januari 1943.