Werner Röttgen wordt op last van de Zwolse commissaris van politie op 22-3-1943 om 21.05 uur ingesloten in het politiebureau te Zwolle. Hij wordt op 24-3-1943 om 13.45 uur op transport gesteld naar Westerbork. Werner heeft bij arrestatie f. 4,05 in bezit. Zijn woonadres was bij arrestatie Ossenmarkt 9 bis te Zwolle.Bron: Historisch Centrum Overijssel, Politiearchief Zwolle, inv.nr. 56, nr 711.
Volgens het archief van Westerbork komt hij daar op 23-3-1943 binnen. Op 4-9-1944 wordt hij vandaar samen met zijn ouders naar Theresiënstadt gedeporteerd. Op 29-0-1944 vandaar naar Auschwitz.