Jacob Zwarts begon op jonge leeftijd met het vastleggen van de geschiedenis van joden in Nederland. Dat zette hem aan tot het studeren van (kunst)geschiedenis aan de Universiteit Utrecht, waarna hij in Amsterdam is gepromoveerd. Hij publiceerde tientallen artikelen, waarvan een groot aantal over joodse gemeenten in de provincie Utrecht: Maarssen, De Bilt, Amersfoort. Daarnaast schreef hij honderden lemma's voornamelijk over Portugese joden voor het 'Nieuw Nederlandsch Biographisch Woordenboek'.
In 1951 publiceerde historicus Jaap Meijer een bibliografisch overzicht van het werk van Jacob Zwarts.