Johan werd vermoedelijk half mei 1943 opgepakt in Kortenhoef. Hij is vermoedelijk afgevoerd naar Hilversum voor een eerste verhoor. Vandaar werd hij op 17 mei 1943 door twee rechercheurs van de Sicherheitsdienst naar het politiebureau aan de Stadhouderskade in Amsterdam gebracht, waar hij om 19.30 uur in het politierapport werd ingeschreven.
Johan Nunes Nabarro kwam op 28 mei 1943 op 23-jarige leeftijd in Sobibor (Polen) te overlijden. Dat was dus hooguit twee weken na zijn arrestatie. Johan werd vanuit Amsterdam overgebracht naar Kamp Westerbork (Drenthe). Van hieruit vertrokken in 1943 negentien treinen naar Sobibor; de eerste op 2 maart, de laatste op 20 juli. Uit de transportlijsten is bekend dat Johan in de dertiende trein heeft gezeten, en wel die van dinsdag 25 mei 1943. Op de lijst stonden 2.862 namen, Johan was nummer 1.205. Direct na aankomst in het kamp, drie dagen later, kwam hij te overlijden in de gaskamers.
Bron: Jan Hendriks, Kortenhoef