Jacob van Embden was getrouwd met Rozette Engelsman, verkoopster en geboren op 20 september 1912. Jacobs ouders waren Levie van Embden en Judith Goudsmit. Jacobs zoon heeft de oorlog overleefd, zijn dochter Naatje van Embden, geboren op 23 september 1912, is op 26 oktober 1942 in Auschwitz vermoord.