Jacob is een zoon van Samuel Nathan Wagenaar en Fijtje Godschalk Pinkie. Hij trouwde 15 augustus 1900 met Carolina Viool (A'dam, 12 juni 1878 - 10 juli 1904), dochter van Eliazer Viool en Marianne Goudsmit.
Kinderen
Sophia, 23 november 1900 A'dam
Eliazer, 10 feb 1902 (overl 15 mei 1903)
Marianne, 28 mei 1904 A'dam
Na het overlijden van Carolina hertrouwde hij 6 januari 1910 met Betje Roodfeld), A'dam, 30 dec 1874 - A'dam, 15 september 1941), dochter van Liebman Roodfeld en Lea Rootveld.
Kind
Lea, 17 oktober 1910 A'dam
Bron SAA archiefkaart Jacob Wagenaar 17-10-1877 en wiewaswie.nl (huwelijk Jacob Wagenaar)