Godschalk is een zoon van Samuel Nathan Waagenaar en Fijtje Godschalk Pinkie. Hij trouwde 9 december 1896 met Saartje de Hoop (26 jaar, geboren in Amsterdam), dochter van Levie de Hoop en Hanna Berclouw.
Na het overlijden van Saartje hertrouwde hij 4 oktober 1899 met Duifje de Jong (29 jaar, geboren in Amsterdam), dochter van Salomon Samuel de Jong en Sara Heigmans.
Bron wiewaswie.nl (huwelijk Godschalk Waagenaar)