Isaac Maarsen legde het kandidaatsexamen in de klassieke letteren af en behaalde reeds op 22-jarige leeftijd de moree-titel. Hij doceerde aan het Nederlands-Israëlietisch Seminarium in Amsterdam. In 1919 werd hij rabbijn in Amsterdam en in 1925 opperrabbijn in Den Haag, welke post hij tot zijn deportatie bekleedde. Hij nam fel stelling tegen het gemengde huwelijk en tegen de reform beweging binnen het jodendom.
Maarsen had bijzondere aandacht voor wetenschappelijk onderzoek. Zo schreef hij 'Textstudiën op de Pentateuch Commentaar van Mozes Nachmanides', tekstkritische uitgaven van verklaringen van Rasjie, responsa als bron voor de geschiedenis der joden in Nederland, enzovoort. Hij publiceerde artikelen in het Hebreeuws in joods-wetenschappelijke tijdschriften.
M.H. Gans, Memorboek. Platenatlas van het leven der joden in Nederland van de middeleeuwen tot 1940 (6e bijgewerkte druk; Baarn 1988) 803
Isaac Maarsen werkte als regent bij het Israëlische Oude mannen- en vrouwenhuis te Den Haag
Archief van het Israëlitisch Oude mannen- en vrouwenhuis te Den Haag; Gemeentearchief Den Haag