Emanuel Moresco was de zoon van Epfraïm Mozes Moresco en Reina da Silva Abenatar. Hij voltooide in 1887 de HBS, waarna hij een opleiding volgde om diplomaat te worden. Vervolgens studeerde hij bestuurskunde. Hij trouwde in 1896 met Marianne Rachel Henriquez de Castro. Ze vertrokken in hetzelfde jaar naar Nederlands-Indie. Hier was hij respectievelijk werkzaam als ambtenaar bij de afdeling voor politieke en inlandse zaken van het secretariaat van de gouverneur-generaal, chef van ditzelfde departement en in 1905 werd hij gouvernements-secretaris. Hij keerde vervolgens tijdelijk terug in Nederland waar hij leraar werd aan de Nederlands-Indische Bestuursakademie in Den Haag. In 1911 verscheen van zijn hand het boek De wetgevende raden in Britsch-Indie. In Indië werd Emanuel Moresco vervolgens in 1914 benoemd tot directeur onderwijs en eredienst van het gouvernement. Enkele jaren later werd hij benoemd tot Ridder in de Orde van de Nederlandse Leeuw en tot Commandeur in de Orde van Oranje-Nassau.
Eenmaal definitief terug in Nederland bleef hij actief betrokken bij Nederlandsch Indië. Hij werd onder meer secretaris-generaal van het ministerie van Koloniën. Ook werd hij benoemd tot hoogleraar in de koloniale politiek aan de Handelshogeschool in Rotterdam. Hij was van mening dat Nederlandsch Indië uiteindelijk een zelfstandig land diende te worden. Dit in tegenstelling tot de visie van de Nederlandse overheid.
In 1937 nam Emanuel Moresco deel aan de vredesconferentie in Parijs. Hij pleitte ervoor om het Verdrag van Versailles te herzien, om zo een dreigende oorlog met Duitsland te voorkomen.
Deze oorlog werd daarentegen niet voorkomen. Aanvankelijk werden de Portugese joden in Nederland ongemoeid gelaten. In maart 1943 werd het gezin Moresco geïnterneerd in Barneveld en in september naar Westerbork gedeporteerd. Zijn vrouw overleed daar twee maanden na aankomst. Emanuel Moresco overleefde Theresienstadt maar overleed, volledig verzwakt, na zijn terugkeer in Nederland.
Een uitgebreide biografie met foto is te vinden in R. Fuks-Mansfeld (red.), Joden in Nederland in de twintigste eeuw. Een biografisch woordenboek (Utrecht 2007)22-223