Deportaties
Op 26 juni 1942 stelde Aus der Fünten de Joodse Raad op de hoogte van de Duitse plannen om joden voor ‘onder politietoezicht staande werkverruiming’ naar Duitsland te sturen. Daarmee werd een nieuwe fase van de vervolging van de Nederlandse joden ingeluid. In de zomer begonnen de grootschalige deportaties. Het tijdschema voor de deportaties en de aantallen mensen die gedeporteerd moesten worden werden in Berlijn bepaald door Adolf Eichmann die - na de dood van Reinhard Heydrich begin juni 1942 - op zijn beurt zijn bevelen kreeg van Heinrich Himmler.
Op basis van de registratie van 1941 maakten de medewerkers van de Zentralstelle een eerste selectie. De Joodse Raad kreeg de opdracht oproepen voor 'werkverruiming' in Duitsland te versturen aan alle mannen tussen 16 en 40 jaar. Vierduizend joden moesten mee met de eerste transporten, die van 14 tot en met 17 juli 1942 plaatsvonden. Maar mensen reageerden nauwelijks op hun oproepen en meldden zich niet. Om toch het aantal van vierduizend te halen werden joden (die nu door de ster goed herkenbaar waren) op straat opgepakt. Ook joden die al in kamp Westerbork zaten werden op transport gesteld en naar Auschwitz in Polen gedeporteerd.
In de loop van de maand juli vonden nog zeven transporten van Amsterdam naar Westerbork plaats. Het verzamelpunt van al die mensen was aanvankelijk het Centraal Station, maar werd later (misschien om het wat minder zichtbaar te maken voor de rest van de bevolking) verplaatst naar de Hollandsche Schouwburg. Het kwam steeds vaker voor dat joden weigerden zich te melden, waardoor in Berlijn opgestelde quota niet gehaald werden. In augustus werden er daarom opnieuw razzia's gehouden. Ditmaal werd de Duitse politie geholpen door het Politiebataljon Amsterdam, een speciaal opgeleid korps bestaande uit pro-nationaal-socialistische manschappen van de Nederlandse politie. Straten werden afgezet, huizen werden doorzocht en wie werd gepakt, werd meegevoerd.
Vrijstellingen
Pogingen van Joodse Raad om het aantal te deporteren joden te verminderen leverden niets op. Wel stond de bezetter toe dat de Joodse Raad een systeem van vrijstellingen, ‘Sperres’ in het Duits, opzette. Deze waren onder meer bestemd voor medewerkers van de Joodse Raad. Toen bekend werd dat er een systeem van vrijstellingen werd gehanteerd ontstond er een ware 'run' op de Joodse Raad omdat veel mensen probeerden via deze organisatie een vrijstelling te krijgen. De Joodse Raad moest overigens zelf de 17.500 medewerkers selecteren die een stempel zouden krijgen. Achteraf is er veel kritiek geweest op deze handelwijze en dan vooral op de selectiecriteria die daarbij zijn gehanteerd: volgens de critici speelden vriendjespolitiek en corruptie bij de selectie een rol. Hoe dan ook was het Sperresysteem een probaat middel van de bezetter om verdeeldheid te zaaien. In de loop van1943 'platzten' de lijsten met vrijstellingen een voor een, dat wil zeggen dat de bezetter ze ongeldig verklaarde. Zo waren de lijsten een instrument van de Duitsers om bepaalde groepen joden met hun gezinnen vrij te geven voor deportatie.
Naast deze vrijstellingen waren er ook andere groepen joden die aanvankelijk van arbeidsinzet vrijgesteld waren, zoals gemengd gehuwde joden, bepaalde categorieën buitenlandse joden en joden die voor 1 januari 1941 christelijk gedoopt waren. Verder waren er de zogenaamde 'economisch vrijgestelden', degenen die direct of indirect voor de Duitse oorlogsinspanning werkten. Een voorbeeld daarvan zijn de driehonderd diamanthandelaren en vijfhonderd diamantbewerkers die werden geselecteerd om producten voor Duitsland te maken. Al deze vrijgestelden kregen een speciaal stempel (Sperre) op hun identiteitspapieren en waren 'tot nader order' van arbeidsinzet vrijgesteld. Veel van de vrijgestelden zijn in de loop van de oorlog toch vervolgd en deels gedeporteerd.
Grootschalige razzia's
Omdat vrijwel niemand zich vrijwillig meldde, werden de meeste joden tijdens nachtelijke invallen door Duitse en Nederlandse politie van hun bed gelicht. Het idee dat er geselecteerd werd voor tewerkstelling viel al snel niet meer staande te houden. Ook moesten de mannen in de joodse werkkampen naar Westerbork. Hun familieleden werden van huis gehaald tijdens een grootscheepse razzia op 2 en 3 oktober 1942. Duitse en Nederlandse politie, NSB, Nederlandse SS, Duitse ambtenaren van de nazipartij en het personeel van de Zentralstelle, hielpen allemaal mee. Tegen het eind van 1942 waren circa 40.000 Nederlandse joden naar de vernietigingskampen in Polen afgevoerd.
Begin 1943 werden joodse ziekenhuizen, weeshuizen en sanatoria het doelwit. In de nacht van 21 op 22 januari 1943 werd het Apeldoornse Bos, een joods psychiatrisch ziekenhuis op de Veluwe, 'leeggehaald'. Onder leiding van Aus der Fünten werd het Apeldoornse Bos doorzocht, weerloze patiënten werden geslagen en mishandeld, in vrachtwagens en later in veewagons geladen. De trein met patiënten en verpleegkundigen reed direct door naar Auschwitz, waar bijna iedereen onmiddellijk na aankomst werd vergast. Op 1 maart 1943 vond een overval plaats op de Joodse Invalide, de grote joodse zorginstelling in Amsterdam. Oude, zwakke en zieke patiënten werden bijeengedreven en door de SS en afgevoerd. In mei kwam het moment dat de Joodse Raad haar eigen mensen moest gaan selecteren. Zevenduizend mensen werden opgeroepen maar er verschenen er te weinig. Daarom volgende een grote razzia op 26 mei in de joodse wijk. Op 20 juni was er weer een razzia en wedren medewerkers van de Joodse Raad opgepakt van wie de stempels vervallen verklaard waren. Na weer een razzia op 23 juli waren er vooral houders van het 120.000 stempel over, het beste stempel dat je kon hebben voor de bestuursleden van de Joodse Raad en andere geprivilegieerde Joden. Op 29 september 1943 vond de laatste razzia plaats in Amsterdam. De hoofdstad werd nu door de bezetter ‘Judenrein’ genoemd.
