Het Digitaal Monument Joodse Gemeenschap in Nederland werd in 2000 geïnitieerd door historicus en emeritus hoogleraar Isaac Lipschits (1930-2008). Het project werd financieel mogelijk gemaakt door een bijdrage van het Verbond van Verzekeraars. Voor het beheer van de financiën en toezicht op de uitvoering werd een stichting opgericht. In opdracht van deze beheersstichting stelde het Internationaal Instituut voor Sociale Geschiedenis een digitaal monument samen. De website werd ontworpen en gebouwd door Mediamatic en ging in april 2005 online. In maart 2006 is de site overgedragen aan het Joods Historisch Museum. Sindsdien beheert en onderhoudt het JHM het monument.
In september 2010 werd in aanvulling op het Digitaal Monument de Community Joods Monument gelanceerd. De Community werd gefinancieerd uit Stichting Collectieve Maror-gelden Nederland en door het programma 'Active European Remembrance' van de Europese Unie. Mediamatic was opnieuw het webbureau dat de site realiseerde.
Sinds 2013 is het monument formeel onderdeel van het Joods Historisch Museum.
In 2016 zijn de website Digitaal Monument Joodse Gemeenschap en de Community Joods Monument vervangen door een nieuwe website het Joods Monument: joodsmonument.nl. De vernieuwing is mogelijk gemaakt door een subsidie van de Claims Conference, het Nora Salomons fonds, de BankGiro Loterij en legaat B.A. Kok. Driebit ontwierp en bouwde het vernieuwde Joods Monument.
In 2017 heeft het online Joods Monument de prestigieuze European Design Award gewonnen.