Nathan Koekoek was de zoon van Salomon Koekoek en Roosje Alter. Hij was slager en grossier in vee.
In eerste huwelijk was hij getrouwd met Esther Bloemkoper, geboren te 's Gravenhage op 19 januari 1875 en aldaar overleden op 17 september 1937. Nathan en Esther trouwden te 's Gravenhage op 18 januari 1899.
Zij hadden 6 dochters, o.a. Roosje Koekoek, die de oorlog overleefde en met 90 jaar overleed te Amsterdam op 22 Juli 1990.
In tweede huwelijk was hij getrouwd met Esther van Broek, geb. 5 November 1884 - Rotterdam, overleden 26 February 1943 - Auschwitz , dochter van Philip van Broek (1851-1922) & Kaatje Speelman (1849-1933).