Jacob Koekoek was een zoon van Abraham Koekoek en Anna Koekoek-Van der Star. Op 19 maart 1922 trad hij in Amsterdam in het huwelijk met Johanna Geertruij Cramer. Het echtpaar kreeg drie kinderen: Johanna Geertruida, Anna en Abraham. De moeder en de drie kinderen hebben allen de oorlog overleefd.
Stadsarchief Amsterdam, archiefkaart Jacob Koekoek en een toevoeging van een bezoeker van de website.