Jacob Isaac Brandon was in de eerste echt gehuwd met Aaltje de Vries. Uit dit huwelijk zijn drie kinderen geboren: Isaac, Sara en Philip. Na het overlijden van Aaltje de Vries is Jacob Isaac Brandon in 1909 hertrouwd met Roosje Appelboom. Het echtpaar kreeg nog twee kinderen: Gretha en Elisabeth.
Jacob Isaac Brandon is in 1942 overleden en ligt begraven op de Portugese begraafplaats in Ouderkerk …