Eduard is een zoon van Simon Koekoek en Vrouke van Coevorden. Hij trouwde 30 mei 1912 met Cato Vegt (22 jaar), dochter van Mozes Elias Vegt en Chrisje Zeehandelaar.
Van dit gezin is ook een JOKOS-dossier (nummer 7935) aanwezig op het Gemeentearchief van Amsterdam. Voor inzage is toestemming nodig van de stichting Joods Maatschappelijk Werk.