Isak Mogendorff was een zoon van Jesaja Mogendorff en Gezina Maria Koopmans. Hij trouwde met Grietje Trijbits die in 1891 is overleden. Het echtpaar kreeg twee kinderen: Jacques Isaac en Abraham Mogendorff.
In 1893 hertrouwde Isak Mogendorff met Henriette de Jong. Uit dit huwelijk zijn twee kinderen geboren: Heiman en Grietje. Henriette de Jong is in 1931 overleden.
Na het bombardement op Rotterdam is Isak Mogendorff ingetrokken bij het gezin van zijn zoon Abraham Mogendorff.
Toevoeging van een bezoeker van de website
Isak Mogendorff is op 28 oktober 1943 in het kamp Westerbork omgekomen en op 29 oktober 1943 gecremeerd. De urn met as is bijgezet op de Joodse begraafplaats Toepad te Rotterdam op de parnassijnsregel, rij 3, graf nummer 25b
Register van joden die in het kamp Westerbork zijn gecremeerd, 1943-1944; archief van de gemeente Westerbork, opgenomen in het archief van de gemeente Midden-Drenthe te Beilen, inv. n 3789