Herman Gompertz was een zoon uit het tweede huwelijk van zijn vader Bernard Elias Gompertz uit Rheinberg in Duitsland en Bertha de Beer uit Leeuwarden. Bernard’s eerste vrouw Sara Schoolmeester, geboren in Haarlem, overleed 14 Juli 1878. Zij had één zoon, Edmond die in 1877 geboren was; verder had Herman’s vader uit zijn tweede huwelijk nog 8 kinderen, waarvan de laatste een doodgeboren dochter was en vier kinderen al op jonge leeftijd waren overleden.
Hermans’s zusters Carolina en Charlotte werden net als hij zelf, tijdens de Sjoa vermoord. Zijn moeder, Bertha de Beer overleed in Juli 1933 op bijna 80-jarige leeftijd in Zandvoort en is begraven op de Joodse Begraafplaats in Haarlem. Zijn vader heeft op 5 Februari 1894 zelfmoord gepleegd in zijn cel van het huis van Bewaring aan de Weteringschans in Amsterdam, na een dag eerder te zijn gearresteerd i.v.m. valsemunterij. Hij was toen 52 jaar oud.
Herman heeft met zijn gezin gewoond in de Sarphatistraat 138, op het Westeinde 28 en 24 en vanaf 1938 in de Zuider-Amstellaan 217 hs. Op 23 April 1940 verhuisde het hele gezin naar de Volkerakstraat 6 en bestond uit hemzelf, zijn vrouw Betje Stibbe uit Zwolle en zijn zonen Freddy, die in 1916 was geboren en Max uit 1919.
Freddy was handelsreiziger en vertrok in 1936 naar Buenos Aires maar keerde in Januari 1939 terug in Amsterdam. In Augustus 1943 werd hij uitgeschreven uit het Amsterdamse Bevolkingsregister met de aantekening V.O.W. Hij was naar België gevlucht en heeft van daaruit Zwitserland bereikt, waar hij in Mei 1944 in Lausanne gehuwd is met Marguerite Mia Josephina Cremaud. Hij overleefde de Holocaust en keerde in 1949 met zijn vrouw terug naar Nederland.
Hun zoon Max is op 6 Juli 1943 officieel in Amsterdam naar Mechelen uitgeschreven, maar al eerder gevlucht naar België, vermoedelijk om in Nederland aan deportatie te ontkomen. Hij is echter daar op 19 April 1943 met konvooi 20 naar Auschwitz gedeporteerd en volgens zijn overlijdensakte, die in opdracht van het Ministerie van Justitie door de Gemeente Amsterdam is opgemaakt op 26 September 1952, is vastgesteld dat Max Gompertz op 31 Juli 1943 in de omgeving van Auschwitz om het leven is gekomen..
Tijdens de grote razzia’s van begin October 1942 werden Herman Gompertz en zijn vrouw Betje Stibbe gearresteerd en afgevoerd naar Westerbork. Herman verbleef geruime tijd in barak 60 en Betje in barak 81. Beiden zijn op 8 December op transport gesteld naar Auschwitz, waar zij bij aankomst aldaar op 11 December 1942 onmiddellijk zijn vermoord.
Bronnen o.a. Stadsarchief Amsterdam, gezinskaart Herman Gompertz, archiefkaart Herman Gompertz, Max Gompertz en Freddy Gompertz; Overlijden Bernard Elias Gompertz , akte 1301 boek 1-109 d.d. 6.2.1894 te Amsterdam en akte 280 dd 10.3.1894 te Haarlem; het archief van de Joodse Raad, registratiekaarten van Herman Gompertz, Betje Gompertz-Stibbe en Max Gompertz en de overlijdensakte A97-fol.28, nr157 d.d. 26-9-1952 voor Max Gompertz