Op de verschrikkelijke dagen en nachten van de 9 en 10 November, 1938, in Duitsland en Oostenrijk tot aan de grenzen van Czechoslovakia , dit gebied maakte nu deel uit van Azi Duitsland. The Nazi’s organiseerde een series van Progrom tegen de Joodse bevolking in Duitsland en in de recente aangesloten gebieden. Deze gebeurtenis stond later bekend als Kristalnacht, de nacht van gebroken glas omdat de straten bezaaid lagen van het glas nadat vandalisme en plunderingen van Joodse huizen, winkels, bedrijven en synagogen werden verwoest of in brand gestoken. Ongeveer 1000 Synagogen werden in brand gestoken en verwoest gedurende die tijd en ook 7,775 Joodse winkels en Bedrijven werden geplunderd of verwoest. Er zijn geen cijfers bekent hoeveel Joodse woningen en apartments werden vernield of geplunderd. Vele Joden kwamen gedurende de Kristalnacht om het leven, inclusief 56 vrouwen en kinderen.
De Nazi’s gaven de orders dat alle Joodse mannen tussen de leeftijd van 18 en 60 jaar werden opgepakte en naar concentratiekampen werden gezonden, en met een aantal uitzonderingen, gebeurden dit met de meest verschrikkelijke brutaliteiten. Ongeveer 30000 mannen in Duitsland werden opgepakt en geselecteerd voor transport naar de concentratiekampen van Buchenwald, Sachsenhausen, Dauchau en andere concentratiekampen kampen. Bepaalde leeftijdscategorien vielen daar buiten en mensen die in de Eerste Wereld Oorlog hadden gediend werden vrijgelaten.
Het moment dat de Kristalnacht begon in de middag van 8 November 1938, was een verschrikking voor de familie en de duizenden andere Duitse Joden. Jakob en andere lokale Joodse mannen werden naar de gevangenis gebracht in Zulpich, daar werden ze geïntimideerd. De volgende dag werd Jakob vrijgelaten en ook andere Joodse mannen. Jakob had gediend in de Eerste Wereld Oorlog en had het Ijzeren Kruis daar voor ontvangen, dit was de reden dat hij werd vrijgelaten.
Wat in het algemeen niet goed begrepen werd was dat ze werden vrijgelaten met een bepaalde conditie, zij moesten toen een verklaring ondertekenen dat zij binnen acht weken Duitsland hadden verlaten. Hun huizen, goederen en andere eigendommen werden verbeurd verklaard. Zij mochten alleen een bedrag ter waarde van ongeveer 20 euro in baar geld met zich mee nemen, maar dat hing af van de gemoedstoestand van degene die jouw zaken afhandelde. Een ieder van deze ongelukkige zielen moest deze verklaring ondertekenen.
Wij weten nu, dat allen 1/4 percentage had een kleine hoop of ergens naartoe te gaan. Zij konden nergens naar toe in de hele wijde wereld. Wie kon deze mensen binnen laten met een kapitaal van 20 euro’s. Welk land had een economie dat eventueel honderdduizenden vluchtelingen of arme mensen konden opnemen sommigen van hen waren van goede waarde voor welk land dan ook, andere waren van gewone waarde en weer anderen had geen enkele waarden. En vanuit centraal Europa kwamen honderdduizenden brieven, geschreven met de laatste hoop die ooit werden geschreven in wereld. Een ieder van hun vertegenwoordigde iemands laatste hoop voor hulp. Het was een volkomen onmogelijke taak, omdat het een lang process was voordat je een legaal stuk papier had om Duitsland te verlaten en om een visa te verkrijgen voor een land waar je toegelaten werd.
De volgende dag werd Jakob en de andere Joodse mannen weer vrijgelaten. Ilse herinnert zich dat haar vader bij de lagere school langs kwam om zijn kinderen zijn zegen te geven en om afscheid van ze te nemen. Daarna vertrok hij en vluchte hij over de Nederlandse grens. Aangekomen in Nederland werd hij gedwongen zich te laten registeren bij de autoriteiten als vluchteling, omdat hij geen emigratie bewijzen bij zich had. Hij arriveerde op 16 november 1938 in Nederland en gaf het adres Julianalaan 207, Bilthoven op. Het adres waar zijn schoonmoeder Jannette Behr-Daniël woonde.
Jakob kwam als illegale immigrant de Nederlandse grens over. Na de registratie als vluchteling werd hij op 5 januari 1939 opgevangen in het vluchtelingenkamp Reuver in de provincie Limburg. Zijn vrouw Helene en de kinderen hadden een visum en woonden bij grootmoeder Daniel in Bilthoven.
Op 29 augustus 29, 1939 werd Jakob samen met zijn neef Ernst Daniël naar een vluchtelingenkamp in Hoek van Holland gebracht. Na het bombardement op Rotterdam op 18 April, 1940 werd Jakob naar vluchtelingenkamp Westerbork gebracht. De familie nam 2 jaar later het besluit dat het beter was om als gezin bij elkaar te blijven in deze onzekere tijden. zijn vrouw Helene, zoon Ernst en dochters Ilse en Ruth gingen toen vrijwillig naar Westerbork. Anderhalf jaar later in juli 1942, besloot de Duitse bezetter dat Kamp Westerbork een systematische doorvoerkamp voor Joden in Nederland werd.