Nathan is een zoon van Juda Loonstijn en Aaltje Scheffer. Hij trouwde 14 oktober 1925 met Jansje Tulp (24 jaar), dochter van Abraham Tulp en Sara Hoed.
Van dit gezin is ook een JOKOS-dossier (nummer 13749) aanwezig op het Gemeentearchief van Amsterdam. Voor inzage is toestemming nodig van de stichting Joods Maatschappelijk Werk.