Hermanus Pinkhof studeerde geneeskunde in Leiden, waar hij op 4 maart 1885 zijn artsexamen aflegde. Hij promoveerde op 29 januari 1886 in Leiden op een proefschrift 'Over de werking van eenige hartgiften'. Hermanus Pinkhof woonde en hield praktijk aan de Amstelkade 173 in Amsterdam. Hij werd wijkarts bij het Nederlands-Israëlitisch Armbestuur en later gemeentearts.
Hermanus Pinkhof was een prominent lid van de medische beroepsverenigingen, zowel in besturen als in commissies. Hij was tevens een bekend medisch auteur, vooral als medewerker en, vanaf 1911, als redacteur van het Nederlandsch Tijdschrift voor Geneeskunde. Hij schreef boeken en artikelen over onder meer kwakzalverij, het Nieuw-Malthusianisme, het medisch beroepsgeheim, de vrije artsenkeuze, homoeopathie, de inentingsdwang, de kindersterfte, de deontologie en de eubiotiek (de kunst van het voorkomen van ziekten) van het joodse volk. Samen met Pieter van der Wielen (1872-1947) schreef hij zijn bekendste werk, het 'Pharmacotherapeutisch vademecum. Opgave der meest gebruikelijke geneesmiddelen met vermelding van samenstelling en aanwending'.
Binnen de joodse gemeenschap werd hij erkend als Talmoedkenner. In 1904 verleende opperrabbijn J.H. Dünner hem de titel van chover. Hij was president-curator van het Nederlands Israëlietisch Seminarium. Hij verzorgde de teksteditie van een veertiende-eeuws Hebreeuws handschrift over de pest: 'Abraham Kashlari over pestachtige koortsen'. Pinkhof spande zich eveneens in voor een goede opleiding van de mohaliem (besnijders). Daarnaast was hij lid van de Kerkenraad en van de Centrale Commissie tot de Zaken van het Nederlands-Israëlietisch Kerkgenootschap. Hij was een overtuigd Zionist. Op latere leeftijd is Hermanus Pinkhof benoemd tot officier in de Orde van Oranje-Nassau.
Hermanus Pinkhof is in Westerbork overleden en op 2 november 1945 op de joodse begraafplaats Muiderberg herbegraven. Hij was gehuwd. Zijn vrouw overleefde de oorlog. Van hun acht kinderen hebben vijf zonen (Meyer, Sallie, Jacob, Leonard en Joseph) de oorlog niet overleefd.
In juli 1943 is in Het Joodsche Weekblad een necrologie geplaatst voor Herman Pinkhof.
J.H. Coppenhagen, Anafiem Gedoe‘iem. Overleden joodse artsen uit Nederland 1940-1945 (Rotterdam 2000) 126-127;
M.H. Gans, Memorboek. Platenatlas van het leven der joden in Nederland van de middeleeuwen tot 1940(6e bijgewerkte druk; Baarn 1988) 721; Het Joodsche Weekblad, 23 juli 1943, 2
Van dit gezin of van een van de andere gezinsleden zijn ook JOKOS-dossiers (nummers 31563, 13799) aanwezig op het Gemeentearchief van Amsterdam. Voor inzage is toestemming nodig van de stichting Joods Maatschappelijk Werk. Uit de JOKOS-dossiers is bekend dat er een claim is ingediend voor vergoeding van waardevolle voorwerpen ingeleverd bij de roofbank Lippmann-Rosenthal (L-claim, nummer 9309/6433).