David Werkendam was een zoon van Mozes Izaak Werkendam en Duifje Turfkruijer. Hij huwde Hilletje Bremer in 1915 in Amsterdam. Ze scheidden in 1938. Ze kregen vijf kinderen, onder wie Max, Samuel, Dora en Philip (overleden in 1925). Hij hertrouwde op 21 augustus 1940 in Amsterdam met een katholieke vrouw. Hildegard Lorenz was zijn stiefdochter.
Stadsarchief Amsterdam, archiefkaart David Werkendam