Emanuel was de jongste zoon van Wolf Mozes Fles (1824-1899) en Aaltje Jacob Batavier (1823-1903). Zij hadden 5 kinderen; Mozes Fles (1853-1923), Meijer Fles (1856-1904), Izaak Fles (1858-1934), Rosette en Emanuel. Emanuel was getrouwd met Esther Kramer (1860-1940). Zij zijn getrouwd op 27-06-1907 te Zaandam. Allen liggen begraven op de Joodse begraafplaats te Muiderberg.