Nathan Prins was een zoon van Joseph Prins en Rachel Emrik. Hij trouwde in 1884 met Klaartje Milhado. Het echtpaar kreeg drie kinderen: Joseph, Juda (jong gestorven) en Abraham. Na het overlijden van zijn echtgenote in april 1942 trok Nathan Prins in bij zijn zoon Joseph.
Stadsarchief Amsterdam; Archiefkaart van Nathan Prins